Mac memo

アップデート

• Mervelics から　MojaMoja にアップデート。(2018.12.30)
• 外付けハードディスクを使ってタイムマシンでバックアップ。その他必要なファイルもバックアップ。初回Time Machineは時間がかかるし、他の作業をしていると余計時間がかかる上に途中で止まってしまった。なので、寝る前にやるのが良い。
• 適当にググると,ここからダウンロードせよというアップルのページがあるので指示に従う。 ダウンロードを含めて１時間くらいで終了。
• 途中真っ黒い画面になって動かなくなったので壊れたのかと思ったが、他の作業をしていたので終了したのに気づかず、操作のされないmac が画面をスリープしていただけのようだった。動いているのか確認すべくキーボードに耳をつけた際に偶発的にキーボードに触れ、ログイン画面が表示された。その後は支持に従い問題なく進む。
• 見た目が iOS みたいになってキモい。慣れるだろうけど。

そのまま動いたやつ

• skype
• Dropbox
• プリンター
• emcas (TeX は無理。あと設定がおかしくなった。句読点が台湾みたいに真ん中に表示される。一度ターミナルを閉じたら動かなくなった。）
• python (quit() しか実行してないけど)
• gfortran (打っただけ。)
• keynote (適当なファイルを開いたら,latest versionを入れろと言われた。無視すると以前のファイルも問題なく動く。むししないほうがいいのでどうしたらいいかね。）
• microsoft office 365 (動いたが遅いし、ネットでアカウントを見たら10.9.5 で使用中と表示された。最大５つまでダウンロードできるらしいので、ダウンロードした。その後 word を起動するとアカウントとパスワードが聞かれるので入力し、その後は適当にクリックしていくとインストール完了。10.9.5 への紐付けは自動的に10.14... に変更された。）

すぐには動かなかったやつとその対処

Mathematica
ただし、javaを入れろと指示が出る。指示通りにダウンロードしたらあっさり動いた。




LoopTools
FeynInstall を使って入れ直しても動かない。MathLink execute が無いとか言われるが LoopTools のページに行くと、Ready-made MathLink とかいうのがあるのでダウンロードして　LoopTools/x86_64-Darwin/bin/　において chmod 755 した。そしたら動いた。




Xcode
terminal を起動した際にメッセージが表示される。そこに出てくるコマンドを打っても何も解決しない。 Finder から起動しようとすると、古いので新しくしましょうと言われる。App Store に行ってもアップデートできない。とりあえずFinderにあるやつを削除（ゴミ箱に移動）。するとApp Store からダウンロード可能になった。 ダウンロード後、Finder から起動。Agree するか聞かれるので Agreeするとインストールが始まる。

(2019.1.9追記) これだけだと calchep や micrOMEGAs のインストールができない。原因は stdlib.h などのヘッダーが /usr/include にデフォルトでは置かれないのが原因らしい。ヘッダーをそこに置くために以下を実行する。
open /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg




g++
打ってみたら command line developer tools を入れろと表示される。 Xcode のインストールが終わってから表示に従い入れる。入れるとインプットファイルがないよと言われたので動くとみなした。




homebrew


• brew doctor で warning の嵐。 xQuartz の再インストールがはじまる。
• ここに従い brew update する。その後 brew upgradeする。エラーが出るやつもあるし、なんだ変わらない。49個 upgrade するパッケージがあるらしく時間がかかる。表示は以下
  ==> Upgrading 49 outdated packages: pyenv 1.0.10_1 -> 1.2.8_1, davidchall/hep/rivet 2.4.0 -> 2.5.4, libtiff 4.0.8 -> 4.0.10, davidchall/hep/thepeg 1.9.2 -> 2.1.1, little-cms2 2.6 -> 2.9, davidchall/hep/fastjet 3.1.3 -> 3.3.0, libpng 1.6.29 -> 1.6.36, ghostscript 9.14 -> 9.26, nettle 2.7.1 -> 3.4.1, gdbm 1.11 -> 1.18.1, gnuplot 5.0.6 -> 5.2.5, davidchall/hep/yoda 1.5.2 -> 1.6.7, cmake 3.12.3 -> 3.13.2, freetype 2.8 -> 2.9.1, python 2.7.10_2 -> 3.7.2, lapack 3.8.0 -> 3.8.0_1, boost 1.59.0 -> 1.68.0, nkf 2.1.3 -> 2.1.4, readline 7.0.3_1 -> 7.0.5, llvm 3.8.1 -> 7.0.1, gcc 7.3.0 -> 8.2.0, webp 0.6.0 -> 1.0.1, sqlite 3.9.2 -> 3.26.0, xrootd 4.1.1 -> 4.8.3, emacs 24.3 -> 26.1_1, lua 5.2.4_4 -> 5.3.5_1, yaml-cpp 0.5.2 -> 0.6.2_1, fontconfig 2.12.1_2 -> 2.13.1, curl 7.61.1 -> 7.63.0, gsl 1.16 -> 2.5, sphinx-doc 1.8.1 -> 1.8.3, jbig2dec 0.11 -> 0.15, aspell 0.60.6.1 -> 0.60.6.1_1, root 6.14.06, libtasn1 4.0 -> 4.13, gd 2.2.4_1 -> 2.2.5, pyenv-virtualenv 1.0.0 -> 1.1.3, jpeg 8d -> 9c, openmotif 2.3.7 -> 2.3.8, openssl 1.0.2p -> 1.0.2q, davidchall/hep/lhapdf 6.1.5 -> 6.2.1, imagemagick 6.8.9-5 -> 7.0.8-21, gcc@4.9 4.9.4 -> 4.9.4_1, davidchall/hep/herwig 2.7.1 -> 7.1.1, automake 1.15 -> 1.16.1_1, git 2.19.1 -> 2.20.1, libffi 3.0.13 -> 3.2.1, cloog 0.18.4_1 -> 0.18.4_3, gnutls 3.2.15 -> 3.6.5
  
• これだと TeX はupdate されないので。 brew cask upgrade する。も、何も起こらなかった。 brew cask list とすると、caskで入れたやつは綺麗さっぱり無くなっていた。




Tex
コンパイルでき無くなったので、ここ と ここを参照 して再インストールした。

brew cask install mactex
sudo /usr/local/texlive/2018/bin/x86_64-darwin/tlmgr path add
sudo tlmgr update --self --all
sudo tlmgr paper a4
sudo tlmgr repository add http://contrib.texlive.info/current tlcontrib
sudo tlmgr pinning add tlcontrib '*'
sudo tlmgr install japanese-otf-nonfree japanese-otf-uptex-nonfree ptex-fontmaps-macos cjk-gs-integrate-macos
sudo cjk-gs-integrate --link-texmf --cleanup
sudo perl cjk-gs-integrate-macos.pl --link-texmf
sudo mktexlsr
sudo kanji-config-updmap-sys --jis2004 hiragino-highsierra-pron

"cjk-gs-integrate-macos.pl" は ここからダウンロード。
苦労しそうだなと思っていたが、特に問題なくインストールできた。




emacs
アップデート直後は動いたのに、ターミナルを一度閉じたら突然動かなくなったので、homebrew で入れたやつは削除して再インストールすることにした。ここがなぜか一番苦戦した。調べると、Mojave は emacs と相性が悪いという情報が出てきたので、そのせいだと思いたい。

• brew cask install emacs や brew install emacs --with-cocoa は、画面がちょっとバグってしまうか、画面はバグらないがターミナルで起動するとエラーメッセージが出てくるので却下。
• emcas-mac というのは問題ないが、ターミナルで emacs が起動する。別窓で開く方法がわからなかったので却下。
• 結局Emacs For Mac OS Xに行き、ダウンロードして入れる。brew cask で emcas を入れたのとほとんど同じで、そのままだとターミナルにエラーが表示されたが、bash_profile に以下を書いたら解決した。

  alias emacs="open -a /Applications/Emacs.app"

• これだけだと yatex が動かないので yatex を設定し直す。




YaTex
自分の過去のメモおよびここを参考にする。



• まずyatexの公式ページにいき、最新版をダウンロード。2018.12.30時点でのバージョンは 1.81。
• ~/.emacs.d/lisp/ と ~/.emacs.d/site-lisp/ に古い yatex/ が存在している。yatex_old/ と名前を変えておく。うまくいったら後で消す。
• mv ~/Download/yatex1.81 ~/.emcas.d/lisp/yatex/
• makefile の PREFIX を以下に変更。

  PREFIX    = /Applications/Emacs.app/Contents/Resources

• sudo make install
• ~/.emacs.d/init.el に書き込むべき何かが表示されるので、指示に従う。すでに以前から使っている init.el があるので、それの yatex に関する最初の方だけ書きこみ、こうなった。

  ;;; ------ Startup definitions for YaTeX ------ ;;;
  (setq auto-mode-alist
    (cons (cons "\.tex$" 'yatex-mode) auto-mode-alist))
  (autoload 'yatex-mode "yatex" "Yet Another LaTeX mode" t)
  (add-to-list 'load-path "/Applications/Emacs.app/Contents/Resources//share/emacs/site-lisp/yatex")
  (setq YaTeX-help-file "/Applications/Emacs.app/Contents/Resources//share/emacs/site-lisp/yatex/help/YATEXHLP.eng")
  ;; タイプセットコマンドの設定
  (setq tex-command "/usr/local/bin/platex -synctex=1")
  ;; bibtexコマンドの設定
  ;; (2017.3.9) bibtex を使わないので pdflatex をあてがう.
  (setq bibtex-command "/usr/local/bin/pdflatex -synctex=1")
  ;; プレビューコマンドの設定
  (setq dvi2-command "open -a skim")
  (setq tex-pdfview-command "open -a Skim")
  (defvar YaTeX-dvi2-command-ext-alist
  '(("xdvi" . ".dvi")
  ("ghostview\\|gv" . ".ps")
  ("acroread\\|pdf\\|Preview\\|open" . ".pdf")))
  ;; PDF作成コマンドの設定
  (setq dviprint-command-format "~/.emacs.d/dvipdf.sh %s")
        

• "~/.emacs.d/init.el" と "~/.emacs.d/dvipdf.sh" で /user/texbin/ を /user/local/bin に変更。/user/texbin は消滅したため。




Skim
消え去ったようなので、入れる。
brew cask install skim
emacs と連携させるために、command+, をして Sync の項目の PDF-TeX Sync support の Preset から Emcas を選ぶ。これで Command + Shift + クリック で pdf から emacs へ飛べる。逆は C-c s 。